Запуск php скриптов

Лучшим вариантов связки nginx + php, является проксирование запросов по протоколу fascgi на unix socket сервера php-fpm.

server {

                listen [[IP]]:80;
                server_name [[DOMAIN]];
                root /home/[[DOMAIN]]/httpdocs/web;
                index index.php;

                access_log /var/log/nginx/[[DOMAIN]].access.log;
                error_log  /var/log/nginx/[[DOMAIN]].error.log error;

                charset utf-8;

                location / {
                        index index.php;
                        #auth_basic "Website development";
                        #auth_basic_user_file /home/[[DOMAIN]]/authfile;
                        try_files $uri $uri/ /index.php?$query_string;
                }

		location ~ ^/upload {
			# Deny run php scripts
			location ~ \.php$ {return 403;}
		}

                # Подключаем обработчик
                location ~ \.php {
                        try_files $uri =404;
                        include fastcgi_params;

                        # Use your own port of fastcgi here
                        #fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;

                        fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm-[[DOMAIN]].sock;
                        fastcgi_index index.php;
                        fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
                        fastcgi_param PATH_INFO $fastcgi_path_info;
                        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
                }

}

Подробнее как настроить php-fpm можно узнать тут или воспользоваться моим скриптом автоматического создания сайта