Настраимваем github для работы с Deploy keys.

Проверяем наличие настроек удаленого доступа

$ git remote -v
origin  git@github.com:foo/bar.git (fetch)
origin  git@github.com:foo/bar.git (push)

$ git remote rm origin

Устанавливаем настройки на репозитоий username/reponame.git github.

$ git remote add origin git@username.github.com:username/reponame.git

$ git remote -v
origin  git@username.github.com:username/reponame.git (fetch)
origin  git@username.github.com:username/reponame.git (push)

Генерируем для репозитория на github username/reponame ключ id_rsa-reponame.

$ ssh-keygen -t rsa -f ~/.ssh/id_rsa-username -C https://github.com/username/reponame

nano ~/.ssh/config

Host username.github.com
Hostname github.com
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa-username

Далее запускаем git pull из репозитория, при запуске этой команды будет прочитан наш созданный ~/.ssh/config файл

$ git pull

• man ssh_config