cron + drush

set HOME=/var/www/nginx-sites/your-site.com/httpdocs && php /usr/share/php/drush/drush.php importkit-update

Где в переменную HOME необходимо поместить прямой путь до вашего сайта

Окончательный вариант записи в crontab выглядит: nano /etc/crontab

# /etc/crontab: system-wide crontab
# Unlike any other crontab you don't have to run the `crontab'
# command to install the new version when you edit this file
# and files in /etc/cron.d. These files also have username fields,
# that none of the other crontabs do.
SHELL=/bin/sh
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
# m h d m w user command
*/30 * * * * www-data set HOME=/var/www/nginx-sites/your-site.com/httpdocs && php /usr/share/php/drush/drush.php importkit-update

Запуск будет производиться каждые 30 минут, и скрипт будет запускаться от пользователя www-data