Различия

Показаны различия между двумя версиями страницы.

--- nextflow [2025/02/06 01:11] – mirocow
+++ nextflow [2025/02/26 20:36] (текущий) – mirocow
@@ Строка 1: / Строка 1: @@
 ====== Nextflow ======
+===== Основные компоненты =====
 ==== Директивы ====
@@ Строка 11: / Строка 13: @@
 </code>
-https://training.nextflow.io/basic_training/containers/#software-directives
+  * https://training.nextflow.io/basic_training/containers/#software-directives
 ==== Каналы ====
@@ Строка 21: / Строка 23: @@
 </code>
-https://training.nextflow.io/basic_training/channels/#channel-factories
+  * https://training.nextflow.io/basic_training/channels/#channel-factories
 ==== Процессы ====
@@ Строка 51: / Строка 53: @@
   * script|shell|exec/Скрипт — это строковый оператор, определяющий команду, которая должна быть выполнена задачей процесса.
-https://training.nextflow.io/basic_training/processes
+  * https://training.nextflow.io/basic_training/processes
 ==== Операторы ====
@@ Строка 62: / Строка 64: @@
 </code>
-https://training.nextflow.io/basic_training/operators
+  * https://training.nextflow.io/basic_training/operators
 ==== Модули ====
@@ Строка 72: / Строка 74: @@
 </code>
-https://training.nextflow.io/basic_training/modules/
+  * https://training.nextflow.io/basic_training/modules/
 ==== Конфигурация ====
@@ Строка 88: / Строка 90: @@
 docker.enabled = true
+// Настройки пакетного планировщика
 process {
     cpus = 10
@@ Строка 103: / Строка 106: @@
   * docker-daemon:// извлеките образ контейнера из локальной установки Docker и преобразуйте его в файл образа Singularity.
-https://training.nextflow.io/basic_training/config/
+  * https://training.nextflow.io/basic_training/config/
-===== Docker =====
+===== # Docker =====
 ==== Варианты работы: ====
@@ Строка 259: / Строка 262: @@
 </code>
-===== Docker Swarm =====
+===== # Docker Swarm =====
 Отсутствует поддержка в Nextflow
-===== Kubernetes =====
+===== # Kubernetes =====
 <code bash>
@@ Строка 269: / Строка 272: @@
 </code>
-===== Slurm =====
+===== # Slurm =====
-Slurm — это отказоустойчивая и высокомасштабируемая система управления кластером и планирования заданий с открытым исходным кодом для больших и малых кластеров Linux. Slurm не требует никаких изменений ядра для своей работы и является относительно самодостаточной. Как менеджер рабочей нагрузки кластера, Slurm имеет три ключевые функции. Во-первых, он выделяет пользователям эксклюзивный и/или неэксклюзивный доступ к ресурсам (вычислительным узлам) на определенный период времени, чтобы они могли выполнять работу. Во-вторых, он предоставляет фреймворк для запуска, выполнения и мониторинга работы (обычно параллельной работы) на наборе выделенных узлов. Наконец, он разрешает конфликты за ресурсы, управляя очередью ожидающих работ.
+[[application:hpc:slurm|Slurm]] — это отказоустойчивая и высокомасштабируемая система управления кластером и планирования заданий с открытым исходным кодом для больших и малых кластеров Linux. Slurm не требует никаких изменений ядра для своей работы и является относительно самодостаточной. Как менеджер рабочей нагрузки кластера, Slurm имеет три ключевые функции. Во-первых, он выделяет пользователям эксклюзивный и/или неэксклюзивный доступ к ресурсам (вычислительным узлам) на определенный период времени, чтобы они могли выполнять работу. Во-вторых, он предоставляет фреймворк для запуска, выполнения и мониторинга работы (обычно параллельной работы) на наборе выделенных узлов. Наконец, он разрешает конфликты за ресурсы, управляя очередью ожидающих работ.
-Демоны slurmd обеспечивают отказоустойчивую иерархическую связь. Пользовательские команды включают: sacct , sacctmgr , salloc , sattach , sbatch , sbcast , scancel , scontrol , scrontab , sdiag , sh5util , sinfo , sprio , squeue , sreport , srun , sshare , sstat , strigger и sview . Все команды могут выполняться в любом месте кластера.
+Демоны slurmd обеспечивают отказоустойчивую иерархическую связь.
+Пользовательские команды включают: sacct, sacctmgr, salloc, sattach, sbatch, sbcast, scancel, scontrol, scrontab, sdiag, sh5util, sinfo, sprio, squeue, sreport, srun, sshare, sstat, strigger и sview.
+Все команды могут выполняться в любом месте кластера.
-* CharlieCloud и Singularity больше подходят для использования контейнеров в системе HPC с отдельным контроллером заданий (обычно Slurm) и устранения проблем безопасности в Docker в общей системе.
+  * https://github.com/koroltim/NextFlow-on-SLURM/tree/main/examples
 <code bash>
@@ Строка 285: / Строка 290: @@
 OAR — это универсальный менеджер ресурсов и задач (также называемый пакетным планировщиком) для кластеров HPC и других вычислительных инфраструктур (например, экспериментальных испытательных стендов распределенных вычислений, где универсальность является ключевым фактором).
+  * https://oar.imag.fr/
+  * https://github.com/oar-team/oar
+  * https://github.com/oar-team/oar3
+  * https://oar.imag.fr/docs/2.5/
 <code bash>
@@ Строка 290: / Строка 300: @@
 </code>
-===== HyperQueue =====
+===== # HyperQueue =====
 HyperQueue — это инструмент, разработанный для упрощения выполнения больших рабочих процессов (графов задач) на кластерах HPC. Он позволяет выполнять большое количество задач простым способом, без необходимости вручную отправлять задания в пакетные планировщики, такие как Slurm или PBS. Вы указываете, что именно вы хотите вычислить, а HyperQueue автоматически запрашивает вычислительные ресурсы и динамически распределяет нагрузку задач по всем выделенным узлам и ресурсам. HyperQueue также может работать без Slurm/PBS как общий распределенный механизм выполнения задач.
+  * https://github.com/It4innovations/hyperqueue
+  * https://it4innovations.github.io/hyperqueue
+  * https://github.com/jaantollander/workflows
 <code bash>
@@ Строка 299: / Строка 313: @@
 </code>
-===== HTCondor =====
+===== # HTCondor =====
 HTCondor — это программная система, которая создает среду высокопроизводительных вычислений (HTC). Она эффективно использует вычислительную мощность машин, подключенных через сеть, будь то отдельный кластер, набор кластеров в кампусе, облачные ресурсы, как автономные, так и временно присоединенные к локальному кластеру, или международные сети. Мощь исходит из способности эффективно использовать общие ресурсы с распределенным владением.
+  * https://github.com/htcondor/htcondor
 <code bash>
@@ Строка 308: / Строка 324: @@
 </code>
-===== Flux =====
+===== # Flux =====
 Flux — это гибкая структура для управления ресурсами, созданная для вашего сайта. Структура состоит из набора проектов, инструментов и библиотек, которые могут использоваться для создания настраиваемых менеджеров ресурсов для центров высокопроизводительных вычислений. В отличие от традиционных менеджеров ресурсов, Flux может работать как параллельное задание в большинстве пусковых установок, поддерживающих MPI, в том числе в самом Flux. Это не только делает пакетные скрипты и рабочие процессы для Flux переносимыми на другие менеджеры ресурсов (просто запустите Flux как задание), но также означает, что пакетные задания имеют в своем распоряжении все функции полного менеджера ресурсов, как будто у них есть целый кластер.
-<code bash>
+./nextflow.config
+<code>
+manifest {
+    mainScript = 'demo.nf'
+    homePage = 'https://github.com/nextflow-io/nextflow/tree/master/docker/flux'
+    description = 'Demo using Nextflow with Flux'
+}
+process {
+    executor = 'flux'
+}
 </code>
-===== Bridge =====
+./main.nf
+<code>
+workflow {
+    breakfast = Channel.of '🥞️', '🥑️', '🥧️', '🍵️', '🍞️'
+    haveMeal(breakfast)
+}
+process haveMeal {
+    debug true
+    input:
+    val food
+    script:
+    """
+    printf '$food for breakfast!'
+    """
+}
+</code>
+<code bash>
+$ nextflow -c nextflow.config run main.nf
+</code>
+===== # Bridge =====
+Repo: https://github.com/cea-hpc/bridge
 <code bash>
 </code>