Как перевести таблицы с MYISAM на InnoDB
Перенос таблиц на InnoDB вместо MYISAM и обратно
MyISAM → InnoDB
sed 's/ENGINE=MyISAM/ENGINE=InnoDB/g' base.sql > dbname.innodb.sql
InnoDB → MyISAM
либо обратно
sed -i s/ENGINE=InnoDB/ENGINE=MyISAM/g base.sql > dbname.myisam.sql